В 1990 году, когда СПб ГБУ «Экострой» начал свою деятельность в виде малого специализированного строительно-монтажного предприятия «Экострой» на базе специализированного строительно-монтажного управления «Спецтранс» трудилось всего 50 человек. Основным видом деятельности являлась разработка и внедрение экологически безопасных технологий переработки отходов, а также техническое обслуживание особо охраняемых природных территорий Санкт-Петербурга.

 

С 2007 года СПб ГБУ «Экострой» начал значительно расширять спектр деятельности и выходить на потенциально более высокий качественный уровень оказываемых услуг. На базе СПб ГБУ «Экострой» в режиме постоянной готовности создают комплексную экологическую аварийную службу. В настоящее время бригада экологической аварийной службы ежедневно участвует в ликвидации аварий на территории Санкт-Петербурга, в том числе крупномасштабных. За 2019 год  экологической аварийной службой СПб ГБУ «Экострой» совершено порядка 1700 выездов по аварийным ситуациям и плановым обследованиям после ликвидации аварийных ситуаций. За текущий год совершено около 1000 выездов. Объемы собираемых опасных отходов колоссальные и составляют до 100 т/год.

 

Однако с 2007 года СПб ГБУ «Экострой» претерпело ряд реорганизаций и стало одним из крупнейших предприятий с мощной производственной базой, на котором трудятся свыше 400 квалифицированных специалистов, с высоким потенциалом в области решения экологических задач и реализации целей в интересах Санкт-Петербурга. Так, на производственной площадке СПб ГБУ «Экострой» функционирует единственный в городе участок селективной переборки радиоактивно загрязненных объектов окружающей среды, предназначенный для приема, сортировки и  временного хранения радиоактивных материалов и изделий.

 

В настоящее время предприятие выполняет широкий перечень в области природоохранных работ: очистка и благоустройство водоёмов, судоремонт, обеспечение деятельности экологической аварийной службы по локализации и ликвидации аварийных ситуаций и инцидентов, связанных с загрязнением радиоактивными и опасными химическими веществами территории общего пользования и объектов социальной сферы Санкт-Петербурга, дезактивация и демеркуризация помещений, радиационное и ртутьметрическое обследование различных объектов, а также разработка экологической документации.