Санкт-Петербургское государственное унитарное предприятие "Судоремонтно-судостроительный завод "Спецтранс" согласно Постановлению Правительства Санкт-Петербурга  N 1085 от 28 сентября 2009 года. было присоединено к СПб ГБУ «Экострой»

С 1876 года на земельном участке между реками м. Нева и Ждановка находились судоремонтно-судостроительные мастерские "Минц и Богородо" с сухим доком на месте существующего сейчас детского пляжа (Петровский пруд).
Эти мастерские в 1919 году были национализированы Петросоветом при создании водно-технического управления с передачей новому предприятию судов и имущества: Финляндского пароходства, Шитовского пароходства, буксирных пароходов братьев Яковлевых, земмашин судовладельца Котлярова.
На базе этих судов и технических средств было создано Водно-Техническое управление при Петросовете РК и КД. Одновременно с организацией Водно-Технического управления были национализированы частные мастерские "Минц и Богородо" (Новая деревня, Строгановская наб., 3-в), вошедшие, как судоремонтная база, в Водно-Техническое управление. В конце 1922 года, в связи с реорганизацией Водно-Технического управления Петросовета РК и КД, оно было передано в систему Петрогуботкомхоза и переименовано в Отделение Городских Водных путей, подотдела Благоустройства отдела Коммунального хозяйства Пстрогубисполкома РК и КП (находилось по адресу: уд. Зодчего Росси, д. 1/3). Отделение Городских Водных путей и его судоремонтная база, реорганизованная в Судоремонтный завод, просуществовала до 1931 года.
В начале 1932 года Отделение Городских Водных путей было реорганизовано в Трест Ленинградский водных путей - "Лен вод путь". Автотранспортного управления Ленсовета РК и КД.
Решением Исполкома Ленгорсовета депутатов трудящихся от 06.05.1946 г. за № 179-10-6 на основании распоряжения Совета Народных Комиссаров СССР от 35.02.46 г., за № 2 трест был реорганизован в Управление водных путей - "Ленводпуть", Исполкома Ленинградского Городского Совета депутатов трудящихся на началах хозяйственного расчёта и завод вошёл в его подчинение.
Во исполнение Распоряжения Совета Министров РСФСР от 05.06.62 г. за № 4119 решением Ленгорисполкома от 04.02.66 г. за № 82 Управление "Ленводпуть" было переименовано в Управление "Спецтранс", со специализированным назначением очистки городских территорий и водных протоков.
25 октября 1994 года решением Регистрационной палаты Мэрии Санкт-Петербурга № 11520 завод выделился в Государственное предприятие Судоремонтно-судостроительныи завод "Спецтранс" в системе Управления охраны окружающей среды Администрации Санкт-Петербурга.
31 октября 2000 года решением Регистрационной палаты Администрации Санкт-Петербурга № 218902 зарегистрированы изменения учредительных документов Государственного предприятия «Судоремонтно-судостроительныи завод "Спецтранс"» внесённые Распоряжением Комитета по управлению городским имуществом Санкт-Петербурга от 11 октября 2000 года № 1782-р в связи с его переименованием в Санкт-Петербургское государственное унитарное предприятие «Судоремонтно-судостроительныи завод "Спецтранс"».