СПб ГБУ «Экострой» создано в сентябре 1990 года в виде малого специализированного строительно-монтажного предприятия «Экострой» на базе специализированного строительно-монтажного управления «Спецтранс». Окончательное наименование предприятия закреплено распоряжением КУГИ от 19.06.2002 №1084-р.

Основным видом деятельности СПб ГБУ «Экострой» являлась разработка и внедрение экологически безопасных технологий переработки отходов, а также техническое обслуживание особо охраняемых природных территорий Санкт-Петербурга.

В 2006 году в соответствии с постановлением Правительства Санкт-Пете6рурга от 26.07.2006 №943 СПб ГБУ «Экострой» было реорганизовано путем присоединения к нему СПб ГБУ «Юго-Западный экологический пост». В результате объединения предприятий СПб ГБУ «Экострой» начинает активно развивать одно из основных направлений деятельности предприятия – это разработка и реализация проектов очистки, берегоукрепления и экологического оздоровления водных объектов Санкт-Петербурга.
В 2007 году в соответствии с постановлением Правительства Санкт-Пете6рурга от 07.06.2007 №657 СПб ГБУ «Экострой» и СПб ГБУП «Инженерный центр экологических работ» были объединены в одно предприятие, благодаря чему значительно расширился спектр деятельности и появилась возможность выйти на потенциально более высокий качественный уровень оказываемых услуг. На базе предприятия в режиме постоянной готовности стала действовать городская комплексная аварийная экологическая служба (ГКАЭС).

В 2010 году в соответствии с постановлением Правительства Санкт-Пете6рурга от 28.09.2009 № 1085 к СПб ГБУ «Экострой» было присоединено Санкт-Петербургское государственное унитарное предприятие «Судоремонтно-судостроительный завод «Спецтранс».

В настоящее время СПб ГБУ «Экострой» является крупным предприятием с мощной производственной базой, квалифицированным персоналом, высоким потенциалом в области решения экологических задач и реализации целей в интересах Санкт-Петербурга.

СПб ГБУ «Экострой» выполняет широкий перечень природоохранных работ:

1. Очистка, экологическое оздоровление и благоустройство водоемов и водотоков;
2. Текущее обслуживание водных объектов и особо охраняемых природных территорий;
3. Проведение инженерно-экологических изысканий и разработка проектно-сметной документацией по очистке и благоустройству водных объектов;
4. Обеспечение безопасности и эксплуатация гидротехнических сооружений водоподводящей системы фонтанов г. Петродворца, находящихся в хозяйственное ведении предприятия;
5. Рекультивация и экологическая реабилитация территорий;
6. Проектирование, строительство, переоборудование и ремонт судов и плавсредств, предназначенных, в том числе, для дноочистки водных объектов. Услуги по отстою судов и плавсредств. Подъем затонувших судов и разделка на металлолом.
7. Обеспечение деятельности городской аварийной экологической службы по локализации и ликвидации аварийных ситуаций и инцидентов, связанных с загрязнением радиоактивными и опасными химическими веществами территории общего пользования и объектов социальной сферы Санкт-Петербурга;
8. Сбор, транспортирование, временное хранение, переработка и обезвреживание отходов I-V классов опасности;
9. Дезактивация помещений, территорий, строительных конструкций, транспортных средств и других объектов;
10. Демеркуризация помещений, территорий, транспортных средств, контейнеров хранения люминесцентных источников света и др.;
11. Радиационное и ртутьметрическое обследование различных объектов (помещений, территорий, строительных материалов, транспортных средств, металлолома, отходов, других объектов);
12. Радиационный контроль вскрышных и ремонтно-строительных работ;
13. Комплексные экологические обследование помещений, территорий, земельных участков;
14. Разработка экологической документации (паспорта опасных отходов и др.);